chirurgie, biologie
Biosciences

Imagerie numérique en biologie : Initiation à l’analyse d’images en 2D et 3D

L’utilisation d’images est incontournable en biologie, et des bonnes pratiques lors de la préparation et l’analyse des images scientifiques est indispensable. Cette formation donne les bases pour établir et appliquer des protocoles de traitement et analyse d’images.

OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES

Optimisation de la visualisation de l’image.
Traitements de réduction des artefacts et du bruit de fond.
Analyse quantitative :
•Méthodes de segmentation, comptage et analyse automatisée des objets
•Analyse de la colocalisation d’objets

CONTENU DU PROGRAMME

Cours : Présentation synthétique des concepts fondamentaux nécessaires à la mise en œuvre.
Atelier pratique : Mise en pratique des traitements et méthodes d’analyse.
La mise en œuvre sera faite avec le logiciel gratuit ImageJ/FIJI.

PÉDAGOGIE, MÉTHODE ET OUTILS

La majeure partie de la formation consiste en la mise en application des outils de traitements et d’analyse. L’apprentissage est fondé sur l’application avec des exemples concrets.
La pédagogie est axée sur la mise en application, sans recourir à la formalisation mathématique.

LES POINTS FORTS DE LA FORMATION

• La formation donnera les outils nécessaires pour mettre en place de protocoles d’analyse automatisée, notamment de comptage et colocalisation.
• Les fonctionnalités enseignées sont applicables à toute image numérique en 2D ou 3D, acquise avec microscopes optiques, scanners, etc.
• Le logiciel utilisé est libre et gratuit. Les compétences acquises pourront donc être directement appliqués dans votre propre environnement de travail. Cependant les notions enseignées peuvent être mises en pratique avec d’autres logiciels qui pourraient être présents dans votre propre environnement de travail.
• Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants.

Catégorie de l’action de développement des compétences :
(Article L6313-1 du Code du Travail)

Action de formation

Thématique : Histologie et imagerie

Responsable(s) pédagogique(s) :
Nicolas Heck et Marianne Renner

Organisation et Durée : 8 heures

Effectifs : Min 4 pers. / Max 20 pers.

Tarifs : 570 €
(Sorbonne université est exonérée de TVA au titre de l’article 261-4-4° du code général des impôts)

Lieu : Campus Pierre et Marie Curie- Paris (Jussieu)

Calendrier : 17 novembre 2020

Public : Biologistes, chercheurs, ingénieurs, techniciens, doctorants

Pré-requis : Aucun

Documents : Supports de cours PDF

Évaluation et validation :
Attestation de fin de formation et de compétences

Possibilité de sessions sur-mesure

Parcourir les formations en Biosciences