chirurgie, biologie
Biosciences

Imagerie numérique en biologie : Initiation à l’analyse d’images – automatisation des tâches grâce aux macros dans IMAGEJ

Les Macros, c’est-à-dire l’automatisation de protocoles de traitement et analyse d’images, permettent non seulement un
gain de temps mais aussi une meilleure reproductibilité de résultats. Cette formation donne les bases pour comprendre
et écrire des Macros.

OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES

• S’initier à l’écriture de macro.
• Apprendre à automatiser une suite de fonctions dédiés au traitement et à
l’analyse d’images 2D et 3D.
• Être capable d’appliquer des traitements et analyses (jusqu’à générer des
tableaux de résultats) sur un grand nombre d’images de manière totalement
automatisée.

CONTENU DU PROGRAMME

Cours :
Présentation synthétique des concepts fondamentaux nécessaires à la mise en
œuvre.
Atelier pratique :
Création de macros. La mise en œuvre sera faite avec le logiciel gratuit ImageJ/
FIJI, qui comporte un outil de création de macro automatisé et facile à utiliser.

PÉDAGOGIE, MÉTHODE ET OUTILS

L’apprentissage est fondé sur l’application avec des exemples concrets.
La pédagogie est axée sur la mise en application, sans recourir à la formalisation
mathématique.

LES POINTS FORTS DE LA FORMATION

• La formation sera particulièrement utile aux utilisateurs qui réalisent des
analyses similaires sur un grand nombre d’images, et désirent automatiser
leur workflow.
• Le logiciel utilisé est libre et gratuit. Les compétences acquises pourront donc
être directement appliqués dans votre propre environnement de travail.
• Le logiciel dispose d’un outil d’écriture automatique de macro. Vous êtes
assurés d’acquérir une compétence dans la mise en place opérationnelle
d’une automatisation des tâches de traitement et analyse d’images.
• Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et
opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants.

Catégorie de l’action de développement des compétences:
(Article L6313-1 du Code du Travail)
Action de formation

Thématique : Histologie et imagerie

Responsable(s) pédagogique(s) :
Nicolas Heck et Marianne Renner

Organisation et Durée : 8 heures

Effectifs : Min 4 pers. / Max 20 pers.

Tarifs : 570 €
(Sorbonne université est exonérée de TVA au titre de l’article 261-4-4°
du code général des impôts)

Lieu : Campus Pierre et Marie Curie- Paris (Jussieu)

Calendrier : juin 2020

Public : Biologistes, chercheurs, ingénieurs, techniciens, doctorants
Pré-requis : Aucun pré-requis en programmation informatique.
Mais nécessité d’avoir suivi la formation « Initiation à l’analyse
d’images 2D et 3D », ou d’avoir des notions en traitement et segmentation
d’images.
Documents : Supports de cours PDF

Évaluation et validation :
Attestation de fin de formation et de compétences

Possibilité de sessions sur-mesure

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