Imagerie numérique en biologie : Initiation à l’analyse d’images – automatisation des tâches grâce aux macros dans IMAGEJ

OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES

• S’initier à l’écriture de macro.
• Apprendre à automatiser une suite de fonctions dédiés au traitement et à
l’analyse d’images 2D et 3D.
• Être capable d’appliquer des traitements et analyses (jusqu’à générer des
tableaux de résultats) sur un grand nombre d’images de manière totalement
automatisée.

CONTENU DU PROGRAMME

Cours :
Présentation synthétique des concepts fondamentaux nécessaires à la mise en
œuvre.
Atelier pratique :
Création de macros. La mise en œuvre sera faite avec le logiciel gratuit ImageJ/
FIJI, qui comporte un outil de création de macro automatisé et facile à utiliser.

PÉDAGOGIE, MÉTHODE ET OUTILS

L’apprentissage est fondé sur l’application avec des exemples concrets.
La pédagogie est axée sur la mise en application, sans recourir à la formalisation
mathématique.

LES POINTS FORTS DE LA FORMATION

• La formation sera particulièrement utile aux utilisateurs qui réalisent des
analyses similaires sur un grand nombre d’images, et désirent automatiser
leur workflow.
• Le logiciel utilisé est libre et gratuit. Les compétences acquises pourront donc
être directement appliqués dans votre propre environnement de travail.
• Le logiciel dispose d’un outil d’écriture automatique de macro. Vous êtes
assurés d’acquérir une compétence dans la mise en place opérationnelle
d’une automatisation des tâches de traitement et analyse d’images.
• Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et
opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants.