chirurgie, biologie
Biosciences

Introduction à la programmation et l’algorithmique pour les biologistes

Le stagiaire s’initiera à la programmation et à l’algorithmique. Il étudiera la faisabilité d’un algorithme : les problèmes simples et les problèmes complexes. Il programmera quelques algorithmes classiques pour l’optimisation et le traitement des données.

OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES

• Qu’est ce qu’un algorithme ? Analyse d’un problème.

• Représentation et structures de données.

• Liaisons entre les structures de données et les algorithmes.

• Complexité d’un algorithme. Résolutions exactes et heuristiques.

• Méthodes d’optimisation. La mise en œuvre sera faite dans un langage de programmation interprété et souple (Python).

CONTENU DU PROGRAMME

Cours : notions générales d’algorithmique et de programmation – présentation du langage Python (variables, structure de contrôle, fonctions).

TP : utilisation des structures de données et des structures des contrôles de Python, fonctions.

Cours : algorithmes de tri.

TP : mise en œuvre du tri (bulle, merge).

Cours : optimisation (simplexe, Monte Carlo et méthodes dérivées (recuit simulé, gradients).

TP : dictionnaires, compte de mots, analyse du biais de GC sur un génome.

TP : optimisation suite (recuit simulé à partir du Monte Carlo, taboo search, gradient). Pour en savoir plus : http://abiens.snv.jussieu.fr/OBI/OBI2

PÉDAGOGIE, MÉTHODE ET OUTILS

  • Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).
  • Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.

LES POINTS FORTS DE LA FORMATION

 

  • Formation conçue en cohérence avec les besoins identifiés sur le marché du travail
  • Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants
  • Corps professoral composé d’enseignants-chercheurs et auteurs de renommée internationale

Catégorie de l’action de développement des compétences:

(Article L6313-1 du Code du Travail)

Action de formation

Thématique : Bioinformatique

Responsable(s) pédagogique(s) :

Ingrid LAFONTAINE

Philippe LOPEZ

Organisation et Durée : 4 Jours consécutifs

Effectifs : Min 1 pers. / Max 4 pers.

Tarifs :

1 100 € (Sorbonne université est exonérée de TVA au titre de l’article 261-4-4° du code général des impôts)

Lieu :

Campus Pierre et Marie Curie- Paris (Jussieu)

Calendrier : Du 29 mars au 1er avril 2021
Inscription obligatoire au moins 2 mois avant la session.

Public : Biologistes (au sens large), chercheurs, ingénieurs ou techniciens.

Pré-requis : Aucun

Documents : Supports de cours PDF

Évaluation et validation : Attestation de fin de formation et de compétences

Possibilité de sessions sur-mesure

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