Introduction à la programmation et l’algorithmique pour les biologistes
Le stagiaire s’initiera à la programmation et à l’algorithmique. Il étudiera la faisabilité d’un algorithme : les problèmes simples et les problèmes complexes. Il programmera quelques algorithmes classiques pour l’optimisation et le traitement des données.
OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES
• Qu’est ce qu’un algorithme ? Analyse d’un problème.
• Représentation et structures de données.
• Liaisons entre les structures de données et les algorithmes.
• Complexité d’un algorithme. Résolutions exactes et heuristiques.
• Méthodes d’optimisation. La mise en œuvre sera faite dans un langage de programmation interprété et souple (Python).
CONTENU DU PROGRAMME
Cours : notions générales d’algorithmique et de programmation – présentation du langage Python (variables, structure de contrôle, fonctions).
TP : utilisation des structures de données et des structures des contrôles de Python, fonctions.
Cours : algorithmes de tri.
TP : mise en œuvre du tri (bulle, merge).
Cours : optimisation (simplexe, Monte Carlo et méthodes dérivées (recuit simulé, gradients).
TP : dictionnaires, compte de mots, analyse du biais de GC sur un génome.
TP : optimisation suite (recuit simulé à partir du Monte Carlo, taboo search, gradient). Pour en savoir plus : http://abiens.snv.jussieu.fr/OBI/OBI2
PÉDAGOGIE, MÉTHODE ET OUTILS
- Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).
- Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.
LES POINTS FORTS DE LA FORMATION
- Formation conçue en cohérence avec les besoins identifiés sur le marché du travail
- Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants
- Corps professoral composé d’enseignants-chercheurs et auteurs de renommée internationale
Catégorie de l’action de développement des compétences:
(Article L6313-1 du Code du Travail)
Action de formation
Thématique : Bioinformatique
Responsable(s) pédagogique(s) :
Organisation et Durée : 4 Jours consécutifs
Effectifs : Min 1 pers. / Max 4 pers.
Tarifs :
1 100 € (Sorbonne université est exonérée de TVA au titre de l’article 261-4-4° du code général des impôts)
Lieu :
Campus Pierre et Marie Curie- Paris (Jussieu)
Calendrier : Du 23 au 26 Mars 2020
Inscription obligatoire au moins 2 mois avant la session.
Public : Biologistes (au sens large), chercheurs, ingénieurs ou techniciens.
Pré-requis : Aucun
Documents : Supports de cours PDF
Évaluation et validation : Attestation de fin de formation et de compétences
Possibilité de sessions sur-mesure
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