chirurgie, biologie
Biosciences

Unix/Linux : informatique pour la Biologie

Le système Unix/Linux est un système d’exploitation dont la maîtrise est indispensable pour toute personne amenée à utiliser les logiciels de biologie et bio-informatique. Ce stage est une initiation à l’usage de ces outils.

OBJECTIFS ET COMPÉTENCES VISÉES

  • Le stagiaire s’initiera au traitement de l’information en biologie par l’utilisation du système Unix/Linux.
  • Le stagiaire sera mis en situation d’utiliser des logiciels du domaine public et universitaire développés en biologie et bio-informatique, et de les interfacer de manière professionnelle grâce aux outils Unix.

CONTENU DU PROGRAMME

  • UNIX/Linux : le système Unix, les environnements et leurs configurations
    (personnalisation), les outils UNIX.
  • Programmation système Unix : programmation de scripts bash, interpréteurs awk, application à l’enchaînement et à l’interfaçage de logiciels du domaine public et universitaire.
  • Les expressions régulières : définition et utilisation dans le traitement de l’information biologique (awk, grep, sed). Application au traitement des entrées/ sorties des logiciels.

Pour en savoir plus : http://abiens.snv.jussieu.fr/OBI/OBI1

PÉDAGOGIE, MÉTHODE ET OUTILS

  • Le public sera composé des stagiaires en formation continue et doctorants (maximum 14 personnes au total).
  • Les travaux pratiques sont encadrés par au moins deux enseignants.

LES POINTS FORTS DE LA FORMATION

  • Formation conçue en cohérence avec les besoins identifiés sur le marché du travail
  • Méthode pédagogique orientée vers l’acquisition d’outils stratégiques et opérationnels efficaces, complets, pertinents et innovants
  • Corps professoral composé d’enseignants-chercheurs et auteurs de renommée internationale

Catégorie de l’action de développement des compétences:
(Article L6313-1 du Code du Travail)

Action de formation

Thématique : Bioinformatique

Responsable(s) pédagogique(s) :
Ingrid LAFONTAINE
Philippe LOPEZ

Organisation et Durée :4 Jours consécutifs

Effectifs : Min 1 pers. / Max 4 pers.

Tarifs :
1 100 € (Sorbonne université est exonérée de TVA au titre de l’article 261-4-4° du code général des impôts)

Lieu : Campus Pierre et Marie Curie- Paris (Jussieu)

Calendrier : Du 1er au 04 mars 2021
Inscription obligatoire au moins 2 mois avant la session.

Public :
Biologistes (au sens large), chercheurs, ingénieurs ou techniciens.

Pré-requis :
Avoir une expérience minimale du travail sur ordinateur (bureautique
par exemple)

Documents : Supports de cours PDF

Évaluation et validation :
Attestation de fin de formation et de compétences

Possibilité de sessions sur-mesure

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